Madlyn Rhue - poručnica Marla McGivers Ricardo Montalban – Khan

Jedna od najvećih nedovršenih priča povijesti pala je u ruke Kirka i posade Enterprisea kada su naišli na S.S. Botany Bay, stari, pred-warp brod sa Zemlje, koji je služio za hibernaciju te je također imao nekoliko tijela u stazi. Među tim tijelima je i Khan Noonien Singh, genetski uzgojen nadčovjek i jedan od vođa Zemlje tijekom Eugenskih ratova 90-ih godina 20. stoljeća. Iako je onda nestao bez ikakvoga traga, sada je Khan probuđen iz svoga dugog sna i uskoro otkriva svoje ambicije, snagu i inteligenciju koja mu je pomogla da zavlada četvrtinom Zemlje.

Jednom kada je došao na Enterprise, Khan ubrzo postaje prijatelj s prekrasnom poručnicom Marlom McGivers, brodskom povjesničarkom koju privlače snažni i odlučni vođe. Oni zajedno, s posadom Botany Baya, preuzimaju kontrolu nad Enterpriseom tako što preuzimaju strojarnicu. Prije nego li bude prekasno, Marla ima dvojbe u vezi novih prijatelja. S njezinom pomoći, Kirk i Spock vraćaju kontrolu nad brodom tako što su ga ispunili plinom. Khanovi ljudi su ubrzo obuzdani i za kaznu su prognani na planet gdje moraju početi život iznova.